El objetivo de la nutrición ortomolecular es equilibrar el organismo mediante la alimentación y el uso de suplementos nutricionales, siempre utilizando las sustancias de las que está compuesto el organismo (vitaminas, minerales, aminoácidos y ácidos grasos esenciales). A través de este equilibrio se consigue estimular y conectar con el potencial físico y mental de la persona.

La nutrición ortomolecular no trabaja el desequilibrio sino a la persona con el desequilibrio. Por esta razón, no existen dos tratamientos iguales, ni reglas generales sobre alimentación.

Cada persona tiene una bioquímica determinada, la cual puede predisponerle a desarrollar ciertas enfermedades o síntomas. Debido a esa individualidad bioquímica, en nutrición ortomolecular no existen reglas estándares sobre alimentación. No todo el mundo se beneficia de la ingesta de alimentos considerados sanos, como, por ejemplo, las ensaladas; algunas personas, por el contrario, se sienten mejor comiendo vegetales cocinados. Al igual que no a todo el mundo le sienta bien una dieta vegetariana o, por ejemplo, el consumo de cereales. Por ello, para obtener una salud óptima es vital respetar llas necesidades del organismo y la nutrición ortomolecular es una terapia muy eficaz dedicada a esta labor.